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命门藏精舍神，与生殖功能有密切关系：“命门者，精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞”（《难经·三十九难》）。说明命门是人体藏精舍神之处，男子以贮藏精气，女子以联系子宫。命门藏精舍神的功能，实为肾主生殖的一部分功能。陈修园则明确指出：“凡称之曰门，皆指出入之处而言也。况身形未生之初，父母交会之际，男子施由此门出，女子受由此门人，及胎元既定，复由此门而生。故于八门即飞门、户门、吸门、贲门、幽门、阑门、魄门等七冲门（加上溺窍空门）之外，重之曰命门也”（《医学实在易》）。认为命门在女为产门，在男为精关。
命门为水火之宅，包括肾阴、肾阳的功能：“命门为元气之根，水火之宅，五脏之阴非此不能滋，五脏之阳气，非此不能发”（《景岳全书·传忠录·命门余义》）。“命门之火，谓之元气，命门之水，谓之元精”（《类经附翼·求正录》）。可见，张景岳认为命门的功能包括了肾阴、肾阳两方面的作用。
命门内寓真火，为人身阳气之根本：“命门者，先天之火也……心得命门而神明有主。如可以应物：肝得命门而谋虑，胆得命门而决断，胃得命门而受纳，脾得命门而转输，肺得命门而治节，大肠得命门而传导，小肠得命门而布化，肾得命门而作强，三焦得命门而决渎，膀胱得命门而收藏，无不借命门之火而温养也”（《石室秘录》）。这种观点把命门的功能，称为命门真火，或命火，也就是肾阳，是各脏腑功能活动的根本。所以周省吾则进一步强调：“命门者，人身之真阳，肾中之元阳是已，非另是一物”（《吴医汇讲》）。
纵观历代医家对命门的认识：从形态言，有有形与无形之争；从部位言，有右肾与两肾之间之辨；从功能言，有主火与非火之争。但对命门的主要生理功能，以及命门的生理功能与肾息息相通的认识是一致的。我们认为肾阳，亦即命门之火，肾阴，亦即张景岳所谓“命门之水”。肾阴，亦即真阴、元阴；肾阳，亦即真阳、元阳。古人言命门，无非是强调肾中阴阳的重要性。
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